目錄
第一章 緒論 1
第一節(jié) 本草基因組學的產(chǎn)生和發(fā)展 1
第二節(jié) 本草基因組學研究內(nèi)容 7
第三節(jié) 本草基因組學的應用 23
第二章 藥用生物結(jié)構基因組 26
第一節(jié) 藥用生物核基因組概述 26
第二節(jié) 藥用植物基因組 30
第三節(jié) 藥用動物與藥用真菌基因組 43
第三章 藥用生物細胞器基因組 53
第一節(jié) 藥用植物葉綠體基因組 53
第二節(jié) 藥用生物線粒體基因組 64
第四章 藥用生物轉(zhuǎn)錄組研究 70
第一節(jié) 轉(zhuǎn)錄組概述 70
第二節(jié) RNA-seq轉(zhuǎn)錄組研究 71
第三節(jié) 全長轉(zhuǎn)錄組研究 77
第四節(jié) 單細胞轉(zhuǎn)錄組研究 86
第五節(jié) 空間轉(zhuǎn)錄組研究 97
第五章 藥用生物蛋白質(zhì)組研究 106
第一節(jié) 蛋白質(zhì)組學概述 106
第二節(jié) 藥用植物蛋白質(zhì)組 110
第三節(jié) 藥用動物蛋白質(zhì)組 117
第六章 藥用植物代謝組學研究 121
第一節(jié) 藥用植物代謝組學研究策略 121
第二節(jié) 基于代謝組學的中藥鑒定和質(zhì)量評價 126
第三節(jié) 基于代謝組學的天然產(chǎn)物合成研究 132
第七章 天然產(chǎn)物生物合成途徑解析 139
第一節(jié) 天然產(chǎn)物生物合成途徑研究策略 140
第二節(jié) 萜類生物合成途徑 143
第三節(jié) 生物堿類生物合成途徑 153
第四節(jié) 苯丙素類生物合成途徑 159
第八章 表觀基因組學 163
第一節(jié) 表觀基因組研究策略 163
第二節(jié) 非編碼RNA 168
第三節(jié) DNA甲基化 173
第四節(jié) 染色質(zhì)三維結(jié)構 178
第九章 藥用植物宏基因組學 183
第一節(jié) 藥用植物宏基因組學研究策略 183
第二節(jié) 藥用植物根際微生物宏基因組 187
第三節(jié) 藥用植物內(nèi)生菌宏基因組 198
第十章 藥用模式生物研究 205
第一節(jié) 藥用模式生物研究策略 206
第二節(jié) 藥用模式真菌——靈芝 212
第三節(jié) 藥用模式植物——丹參 218
第四節(jié) 其他相關模式生物 226
第十一章 中藥合成生物學研究 232
第一節(jié) 中藥合成生物學體系創(chuàng)建 233
第二節(jié) 中藥合成生物學體系優(yōu)化策略 235
第三節(jié) 萜類合成生物學 240
第四節(jié) 生物堿合成生物學 245
第五節(jié) 黃酮合成生物學 248
第十二章 藥用植物分子育種研究 254
第一節(jié) 藥用植物分子育種原理與方法 254
第二節(jié) 優(yōu)質(zhì)適產(chǎn)藥用植物分子育種 258
第三節(jié) 抗逆藥用植物分子育種 267
第十三章 中藥分子鑒定 272
第一節(jié) DNA條形碼鑒定 272
第二節(jié) 超級條形碼鑒定 281
第三節(jié) 其他分子鑒定技術 285
第十四章 中藥藥物體內(nèi)過程組學研究 290
第一節(jié) 中藥藥物代謝組學 290
第二節(jié) 中藥腸道宏基因組學 295
第三節(jié) 中藥藥物基因組學 302
第四節(jié) 中藥藥物蛋白質(zhì)組學 308
第十五章 本草基因組學關鍵實驗技術 315
第一節(jié) 結(jié)構基因組學關鍵技術 315
第二節(jié) 轉(zhuǎn)錄組學關鍵技術 320
第三節(jié) 功能基因組研究關鍵技術 320
第四節(jié) 蛋白質(zhì)組學關鍵技術 323
第五節(jié) 代謝組學關鍵技術 325
第六節(jié) 合成生物學關鍵技術 327
第十六章 生物信息學及數(shù)據(jù)庫 330
第一節(jié) 生物信息學編程基礎 330
第二節(jié) 生物信息學常用分析方法 333
第三節(jié) 基因組相關數(shù)據(jù)庫 337
第四節(jié) 生物信息學中的人工智能 343
第十七章 藥用生物系統(tǒng)基因組學 349
第一節(jié) 系統(tǒng)基因組學基本概念 349
第二節(jié) 藥用生物系統(tǒng)基因組學研究與應用 352
第三節(jié) 研究的問題與發(fā)展方向 355
第十八章 表型組學 358
第一節(jié) 植物表型組學的研究內(nèi)容 358
第二節(jié) 植物表型組研究方法 361
第三節(jié) 中藥植物表型組研究方法 363
重要參考文獻 367