東京城里發(fā)生了一連串的搶劫盜竊案件，并且事后在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)都發(fā)現(xiàn)了落款灰色巨人的便箋。在珍珠塔和珍珠項(xiàng)鏈之后，歹徒將目標(biāo)對(duì)準(zhǔn)了少年偵探園井家的彩紅寶石王冠，少年偵探團(tuán)和流浪兒別動(dòng)隊(duì)全體出動(dòng)，能夠戰(zhàn)勝神秘的灰色巨人嗎？灰色巨人的真面目到底是什么呢？

某海難救助公司接受委托，潛入某處淺海區(qū)打撈一艘沉船，結(jié)果連沉船影子也沒有見著。十天后，少年偵探賢吉在神社森林里發(fā)現(xiàn)一個(gè)匆忙的人影。這人讓他保管一只小鐵箱，箱子里藏有當(dāng)年的船長(zhǎng)遺書、保險(xiǎn)公司的證明書和到航海圖。為尋找和打撈這批黃金，潛水員先后在沉船附近發(fā)現(xiàn)鐵人魚、魚形潛水艇和巨型螃蟹等……

東京城里出現(xiàn)了一頭專門吞吃珠寶和鈔票的黃金豹，它先后搶劫了銀行、珠寶店，還引發(fā)了一起列車劫案，搞得人心惶惶，而且每次它消失的時(shí)候，都會(huì)出現(xiàn)一個(gè)老人……大偵探明智小五郎和小林芳雄帶領(lǐng)少年偵探團(tuán)層層設(shè)防，終于撕下了黃金豹的偽裝，讓所有的失物物歸原主。

六年級(jí)學(xué)生不二夫發(fā)現(xiàn)院子樹林里有一黃金怪人，可以瞬間變成少年和只有二十厘米高度的矮個(gè)。不久，其父親珍藏的書失竊。又不久，少年偵探團(tuán)長(zhǎng)小林被誘騙落入圈套。明智將計(jì)就計(jì)，救出小林，與少年偵探團(tuán)一起協(xié)助警方搗毀了黃金怪人的巢穴。

馬戲團(tuán)的演出現(xiàn)場(chǎng)驚現(xiàn)骷髏怪人。來(lái)歷不明的骷髏怪人頻頻滋事，將馬戲團(tuán)攪得天翻地覆。同時(shí)，馬戲團(tuán)長(zhǎng)的兒子正一神秘失蹤。為了解真相，少年偵探團(tuán)一路追蹤腹語(yǔ)術(shù)師，發(fā)現(xiàn)了驚人的秘密，一場(chǎng)隱藏十幾年的復(fù)仇計(jì)劃就此揭開……

惡魔的面孔突然出現(xiàn)，天空、池塘也相繼出現(xiàn)了驚人的巨臉，整個(gè)日本陷入一片恐怖的氛圍。東京監(jiān)察廳的檢察官花崎俊夫，因秉公執(zhí)法得罪了一些人，他的兩個(gè)孩子相繼被綁架。大偵探明智小五郎又一次與歹徒斗智斗勇，真相終于漸漸浮出水面……

赤坂見附公園發(fā)生了一起綁架案，嫌疑人是一個(gè)古怪的玩偶師。為了調(diào)查案件，小林芳雄男扮女裝，真由美和口袋小和尚也屢屢深陷險(xiǎn)境。這一切的幕后黑手到底是什么人，他的目的又是什么？大偵探明智小五郎和少年偵探們能夠一一破解，取得最后的勝利嗎？

四十面相又一次越獄了，這一次，他公然宣稱要拿走神山先生收藏的倫勃朗的名畫。大偵探明智小五郎帶領(lǐng)少年偵探團(tuán)和流浪兒別動(dòng)隊(duì)與四十面相團(tuán)伙連番交手，口袋小和尚大顯身手，不但破壞了四十面相的陰謀詭計(jì)，還一舉破獲了他最后的大本營(yíng)——奇面城。

少年偵探團(tuán)進(jìn)行夜間試膽活動(dòng)時(shí)，竟發(fā)現(xiàn)森林上空漂浮著一個(gè)紅眼睛、紅嘴巴的熒光腦袋。隨后，詭譎的夜光人又頻頻出現(xiàn)在東京的街頭、墓地，攪得人們戰(zhàn)戰(zhàn)兢兢，坐立不安。杉本先生家的金屬佛像、赤森先生家的白玉佛像接連失竊，真假明智小五郎輪番登場(chǎng)，可疑的白發(fā)老人出現(xiàn)在活動(dòng)密室的出口。這意味著什么？這一切與夜光人有著怎樣的關(guān)系？明智大偵

有兩個(gè)女孩找到明智小五郎的女性助手花崎真由美，說(shuō)想拜明智為師。某一天花崎帶上兩位新弟子外出，卻發(fā)現(xiàn)一座廢棄的塔樓上有一個(gè)穿著黑色披風(fēng)的男人。兩名弟子落荒而逃，然而這只是某個(gè)陰謀的序幕，接下來(lái)發(fā)生了幾件更可怕的事情，他們產(chǎn)生了什么影響？